針對近來有許多學者專家質疑製作國民卡的廠商掌握全民資料，將會把這些資料移為商業用途，全體民眾將毫無隱私可言。宋餘俠對此特別提出澄清。他表示，其實業者根本不會拿到民眾的身家資料，因為製作國民卡的硬體及軟體系統雖然是由業者所提供，但是製卡卻是在戶政事務所完成的。也就是民眾要拿國民卡，先在戶政事務所中填表捺手印，手續辦完後，相關資料傳到製卡的電腦系統，不一會兒民眾立刻就可以取卡走人，根本不是外界所想像的，政府把全民的資料交到業者手中，再由業者據以製作國民卡。

　宋餘俠也表示，其實全民的戶政資料，在前幾年電腦化時就已經委託外界登打了。而且不只戶政資料，像稅單、監理所的資料等，在電腦化時也都是委託外界處理。換句話說，全民的資料外界早已有過接觸，外界要用此來做非法勾當，早在幾年前就該做了。因此拿資料可能外洩而造成不法情事，而以此做為攻擊國民卡的口實，事實上並不能成立。

　而台大資工系教授湯耀中質疑廠商可能在系統上做手腳，而為自己牟取不當利益。宋餘俠說，為防範此一情事發生，政府已要求廠商在製卡時所使用的原始程式，必需展示給相關單位檢查。而有人也擔心政府保管民眾的密碼金鑰，若有心人士據此推算出民眾本身所持有的金鑰，是否就此使民眾的身家資料外流。宋餘俠表示，政府所保管的是公開金鑰，必需和民眾所持有的私人金鑰配合，才能開啟國民卡內的資料。雖然公開金鑰容易取得，但要由此反推回每個人的私人金鑰，即使用十萬部個人電腦算一百年也不見得能推算得出。就算個人的金鑰被完全破解，所影響的也是這個人，其他人資料的安全性仍然是存在的。因此不會有外界所稱全民資料全部曝光的情形。

　宋餘俠表示，有人也擔心國民卡內的資料遭人侵入竄改，會把個人的房子等不動產神不知鬼不覺地移到他人名下。事實上法律規定，不動產的交易透過電子交易進行是無效的。而且單單改變國民卡內的資料，但沒有取得土地所有權證狀等證明文件，還是不能就此將房子過戶到他人名下。因此透過國民卡就會使一個人由億萬富翁變成一無所有，事實上也是不太可能發生。